หัวเชื้อจุลินทรีย์เป็นการเตรียมมีชีวิตที่ทำจากจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์และสารเมตาบอไลต์ของพวกมัน ส่วนใหญ่จะผ่านกระบวนการดูดซับน้ำซุปหมักของจุลินทรีย์ลงบนวัสดุที่มีรูพรุน เช่น พีทมอสและเวอร์มิคูไลต์ ประเภทต่างๆ ได้แก่ จุลินทรีย์ต่อต้าน-การปลูกใหม่และแลคโตบาซิลลัส ซึ่งมีจำหน่ายในรูปแบบของเหลว ผง และเม็ด
แบคทีเรียที่มีประสิทธิภาพส่งเสริมการเจริญเติบโตของพืชโดยการหลั่งสารออกฤทธิ์ เช่น จิบเบอเรลลินและไซโตไคนิน ย่อยสลายอินทรียวัตถุในดินเพื่อสร้างกรดฮิวมิก เพื่อลดการสูญเสียปุ๋ยไนโตรเจน และปรับปรุงโครงสร้างของดินและความสามารถในการกักเก็บน้ำและปุ๋ย ใช้ในการเกษตร การคุ้มครองสิ่งแวดล้อม การแพทย์ และอุตสาหกรรม
